Theo người dân bản địa, thời điểm đẹp nhất để du lịch đảo Nam Du từ tháng 12 đến tháng 3 vì lúc này biển khá êm và trong xanh, cho du khách cảm giác dễ chịu khi di chuyển bằng tàu.
Nếu xuất phát từ TP HCM, du khách có thể di chuyển bằng xe khách xuống thành phố Rạch Giá (Kiên Giang) trong khoảng 6 tiếng sau đó đi bằng tàu cao tốc ra Nam Du với giá vé khứ hồi khoảng hơn 400.000 đồng một người. Ngoài ra, hiện du khách còn có thể đi tàu cao tốc từ đảo Phú Quốc với thời gian di chuyển hơn một tiếng.