Điều thích thú nhất với du khách khi đến chùa Mã Tộc là được chiêm ngưỡng cảnh hàng trăm con dơi treo mình lủng lẳng như trái cây trên cành lá, đặc biệt là chúng chỉ đậu trên những tán cây trong chùa, tuyệt nhiên không đậu ở bên ngoài.
Sư Trịnh Minh Cần, đang tu học tại chùa, cho biết loài dơi sống tại chùa chủ yếu là dơi quạ, dơi ngựa. Con trưởng thành có sải cánh 1 - 1,5 m và trọng lượng 0,5 - 1 kg. Lúc trời chạng vạng tối, đàn dơi bay đi kiếm ăn rồi quay về vào khoảng 3 - 4 h sáng hôm sau. Số lượng dơi hiện nay đã giảm nhiều do bị săn bắt khi chúng bay đi kiếm ăn.