Chùa được xây dựng trên nền Phúc Linh Tự (ngôi chùa có từ thời nhà Trần). Đây vốn là ngôi đền thờ những vị tướng nhà Trần đã có công chống lại quân Nguyên Mông xâm lực.
Vị trí của chùa cũng được cho là nơi diễn ra trận đánh đầu tiên của chiến dịch Bạch Đằng năm 1288.
Năm 2007, chùa được xây mới trên diện tích 20 ha, với tổng kinh phí 24 tỷ đồng bằng nguồn vốn huy động xã hội hoá.