Các mặt hàng tại chợ Rungis, đặc biệt là hàng thực phẩm tươi sống đều có thể truy gốc sản phẩm. Trung bình mỗi năm khoảng 10.000 mẫu lấy tại đây được phân tích trong phòng thí nghiệm, tìm dấu vết dư lượng hoóc môn, kháng sinh, hóa chất hay ký sinh trùng.
Ngoài tuân thủ nghiêm ngặt nhiệt độ bảo quản thịt, để đảm bảo vệ sinh cho hàng tươi sống, thịt được treo cao bằng hệ thống rơ móc tự động, chứ không bày bán trên bàn. Khoảng 30% tổng ngân sách vận hành toàn khu chợ được dành cho lau rửa sàn, thu gom rác xử lý rác...